Están convencionalmente clasificadas en alfarería, cuero, madera, asta y hueso, calabaza, platería, imaginería, máscaras, instrumentos musicales, tejido, vidrio, etc. Estas categorías se sustentan en criterios múltiples como la materia prima predominante, la tradición tecnológica o la función y no siempre coinciden con las especialidades en donde se reconocen los propios artesanos a través del tiempo.

Su colección se constituyó mayoritariamente a través de compras oficiales. La más importante fue en 1949, con la adquisición de los fondos museológicos del museo privado de Carlos Daws, especialmente artesanías en cuero, plata y textiles. Más tarde se agregaron piezas adquiridas en viajes de campo a algunas localidades indígenas y criollas del interior del país. Su colección de imaginería popular se constituyó principalmente por traslado de piezas desde otros museos de la Ciudad como el Museo de Arte Colonial y el Museo Municipal de la Ciudad. En el 2000 ingresaron artesanías del Centro de Promoción Artesanal (CEPAR), área destinada a la promoción de los artesanos creada en 1980.

Entre el 2001 y el 2005 ingresaron las obras pertenecieron a un imaginero, tejedor y arquitecto espontáneo nacido en Jujuy, protagonista del documental de Jorge Prelorán, “Hemógenes Cayo, un imaginero de la Puna”. Se adquirieron mediante una campaña de recolección de fondos realizada en 2002 por la Asociación Amigos y un subsidio otorgado en 2003 por FNA.

En el 2004 se creó una colección de artesanías contemporáneas, con piezas adquiridas a destacados artesanos a partir del concurso de la Bienal de Artesanías de Buenos Aires organizada conjuntamente con la Comisión de Preservación del Patrimonio Histórico Cultural de la Ciudad de Buenos Aires.