La oscuridad ha caído sobre la ciudad de Nueva York. Shredder y su maléfico Foot Clan han logrado el control sobre la policía y los políticos. El futuro es sombrío, hasta que cuatro hermanos marginados, tortugas mutantes, aparecen desde las alcantarillas y descubren su destino como las Tortugas Ninja. Las tortugas deberán trabajar en conjunto con la reportera April O`Neil y su camarógrafo Vern Fenwick para salvar la ciudad y desentrañar el plan de Shredder.